Madrasah sebagai salah satu lembaga pendididkan yang pada saat ini menempati posisi sebagai sekolah umum berdasarkan UU sisdiknas No. 20 Tahun 2003, berarti madrasah sebagai sub sistem pendidikan nasional. Meskipun madrasah berada di bawah Departemen Agama, namun karena merupakan sub sistem pendidikan nasional dan sekaligus merupakan bagian integral dalam sistem pendidikan nasional.