Maluku pernah dilanda perang saudara yang mengerikan pada tahun 1999. Meskipun pada mulanya konflik kekerasan hanya terjadi antara penduduk asli kristen di Pulo Ambon dan kaum pendatang Muslim, namun kemudian di luar dugaan, konflik terseut meluas dan menyebar ke komunitas lainnya di Provinsi Maluku dan Maluku Utara