Benih-benih gerakan Islam global sebenarnya sudah tumbuh di Indonesia sebagai gerakan bawah tanah pada tahun 1970-an dan 1980-an sebagai akibat dari represi politik islam masa orde baru serta pengaruh dari kebangkitan islam global yang ditandai dengan revolusi Iran tahun 1979
Pengertian bermasalah dalam konteks ini tidak terkait dengan aqidah dan syariah tetapi lebih kepada persoalan relasi sosial yang timbul akibat aliran dan gerakan keagamaan bermasalah tersebut. Tujuan penanganan adlah penyelesaian masalah aliran dan gerakan keagamaan baru dan bermasalah dengan cara-cara yang lebih manusiawi, adil, beradab.